企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，采取不同方式处理，寻求法律保护的途径和协商均可。
第一，向仲裁机构申请仲裁。
企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成合法有效仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向约定的仲裁机构申请仲裁。
没有仲裁协议的，仲裁机构不受理申请。有仲裁协议的，人民法院不受理起诉。
企业之间因劳动争议引起的纠纷或签订《劳动合同》的职工，期限未满，擅自跳槽，带走企业商业秘密，侵犯企业利益的，企业可依据《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在十五日内向人民法院起诉。
第二，向工商行政管理部门投诉。
《中华人民共和国反不正当竞争法》第三条规定：“县级以上人民政府工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。”第二十条规定：“违反本法第十条规定侵犯商业秘密的，监督、检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。”
第三，向人民法院起诉。
根据《刑法》、《民法通则》、《技术合同法》、《反不正当竞争法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院起诉。
第四，协商解决。商业秘密纠纷一般属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并做适当赔偿。